アトウォーターの証⾔によって、刑事ドイルを撃った⿊⼈男性ペイジの仲間２⼈への起訴は正式に棄却される。しかし、ケニーたちエリア・サウス署の警官と思しき⼈物からのアトウォーターに対する嫌がらせは続いていた。⼀⽅、新たなシカゴ警察副本部⻑のサム・ミラーは警察改⾰を掲げ、ボイトにもこれまでのやり⽅を変えるよう警告。そんな中、５歳の少⼥が撃たれる事件が起き、ボイトは現場へ向かう。少⼥の⽗親に話を聞くと、事件当時、⿊い⾞が⾛り去ったことが分かる。また、現場近くの監視カメラから、覆⾯の男が別の男ともみ合い、発砲する様⼦が映っていた。ジェイとアプトンがそこに映っていた教会へ⾏くと、アジェンデ神⽗が縛られていた。神⽗は⿇薬ディーラーの⾦を隠していたがそれを奪われ、犯⼈を追いかけたら発砲されたと話す。

次期シカゴ市長のケルトンが何者かに射殺される事件が発生し、特捜班は殺人課と共同捜査することになる。ボイトの車が現場近くで目撃されていたことなどから、殺人課のタークラはボイトを怪しんでおり、ハルステッドもまた密かに疑念を抱いていた。一方、リゾが死亡した一件でアントニオをかばって刑務所に入っていたルゼックが保釈され、アトウォーターが家まで送る。ルゼックは警察権をはく奪されていた。また特捜班はアントニオと連絡が取れず心配する。捜査を続けるうちに、ケルトンを撃った銃の線条痕から警察が2016年の強盗事件で押収した銃であることが判明。その時の担当刑事の中にボイトの名前があったことから、ついにボイトが第一容疑者になってしまう。

薬物による複数の若者の死亡事件が発生。ボイトは現場に行くが、ブレナン副本部長から、捜査中に射殺したカルロス・デレオンへの発砲の正当性に関する調査が終わるまで停職処分を言い渡される。ボイトに言われて指揮をとることになったアントニオが率いる特捜班は、犠牲者が買った薬物はヘロインとバッテリー液の混ぜ物であり、包み紙には印刷されていたクモの絵があることからルートをたどり、売人の元締めであるジェイレンを逮捕する。だが、ジェイレンは頑として犯行を否定し、その間も犠牲者が増え続けていた。アントニオが指揮をとることに納得がいかないルゼックは、規律違反を犯して隠れてボイトに捜査の協力を要請。事件は解決するが……。一方、本部長のブライアン・ケルトンを次期市長選に当選させたいブレナン副本部長は、シカゴ警察にとって頼りになる凄腕のボイトを味方に引き入れた方が得策だと考え、ボイトにある提案をする。

ボイトがリンジーをFBIに引き抜かせたことから大切な仲間を失う形となった特捜班。だが悲しむ暇もなく事件の連絡が入る。銃の売人が地元ギャングのサウスサイド・ホークスの仲間を相手に取引をする現場に踏み込んだジェイとアプトン。発砲を受け銃撃戦となり、ジェイの撃った弾が買い手の１人の下腹部に命中するが逃走。売人２人は死亡し、３名の市民が巻き添えになる。そのうち女性が死亡し、黒人男性ジャームズ・ペルは足を負傷、違法な託児所があった隣の建物では少女モーガンが重体となっていた。さらにモーガンを撃ったのはジェイであることが判明する。警察への信頼が揺らぐ中、警察全体を監督する監査官にボイトの元同僚であるデニー・ウッズが就任し、21分署にやってくる。ウッズはラファロ殺しの一件でいまだボイトとの間にしこりを残していた。世間ではジェイが人種差別主義者の白人警官に仕立て上げられ非難の的に。さらに市会議員のプライスが事件に介入してきて、ボイトらの捜査は難航する。

21分署のクロウリー署長はリンジーをサイロへ呼び出し、ボイトがジャスティン殺害犯であるビンガムを、この場所で殺したことを察して問いただす。リンジーはボイトをかばい通すが、重い秘密を抱えたことで苦しむ。その頃、駐車場の車の中から焼死体が発見される。被害者エバン・バーナーの胸には警察の無線機がついていたことから、麻薬課のおとり捜査に協力していたことが分かる。やがてエバンが薬物所持で引っ張られた姉アリーの代わりに、おとり捜査を引き受けたことが判明。そこから特捜班はエバン殺害犯を割り出し、元恋人に協力させることに。一方、バージェスは新しい相棒ジュリー・テイの経歴を知り、ろくでもない警官だと警戒心を抱く。だが、パトカーで巡回中に通報を受けて現場へ急行し、車の中で暴行されている女性を救い出そうとするテイの熱心な働きぶりを見て驚く。急発進して逃走する車から放り出された被害者の女性ケイトを病院へ運んだバージェスとテイは、犯人逮捕のために意欲を燃やす。

シカゴ警察21分署の特捜班の刑事、アントニオの情報屋ビアンカが、恋人ベンジーに裏切られたことから絶望し、ビルの屋上から飛び降りようとする。アントニオの説得で自殺を思いとどまったビアンカの情報から、ボイト率いる特捜班はベンジーの居所を突き止め拉致する。警察の本命は、彼の兄で大物の売人デレク。ベンジーを見逃すのと引き換えに協力を得て、デレクを逮捕する計画だった。ヤクのバイヤーに扮したハルステッドが取引場所へ向かうが、デレクは罠に気づき、ハルステッドは拉致されてしまう。一方、ナディアの死から立ち直れず、荒んだ生活を続けていたリンジーは、ハルステッドが拉致されたことを知り21分署へ姿を現わす。特捜班はデレクの居場所を突き止め、ハルステッドを無事に取り戻すことができるのか？

特捜班のメンバーで内務調査部スティルウェルに脅され、ボイトをスパイしていたジンが遺体で見つかる。ボイトは内務調査部に疑いをかけられる中、ジェイのもとにはジンが生前に送ったとみられるUSBが届く。中にはジンがスティルウェルに脅迫されていた事実や、ボイトを盗聴していた記録など犯人を示唆する証拠が保存されていた。ジェイはボイトにUSBを渡すが……。一方、アントニオの情報屋ジェリービーンから現金輸送車を襲う計画があると聞いた特捜班は、輸送会社のスタッフとして輸送車に乗り込み追尾する。だが、途中でトラックがボイトたちの車に衝突し、そこから銃撃戦が始まり死傷者が。ジェイとリンジーは輸送会社の責任者の自宅をあたり、パトロール警官のバージェスと新しいパートナーのローマンらも特捜班とともに捜査に当たる。一筋縄ではいかない輸送車襲撃犯の黒幕と事件の驚くべき全容とは？